Jakie nowe regulacje unijne dotyczące podatków i akcyzy wpłyną na kontrole celno-skarbowe w Polsce?

08.01.2026

Kontrola celno-skarbowa to sformalizowane działania Krajowej Administracji Skarbowej, których celem jest weryfikacja prawidłowości rozliczeń podatkowych i celnych oraz przestrzegania przepisów akcyzowych i regulacji towarzyszących. W praktyce biznesowej oznacza to ryzyko wstrzymania obrotu, zabezpieczeń majątkowych, sporów o klasyfikację towarów, a także odpowiedzialności finansowej spółki i osobistej odpowiedzialności członków zarządu, zależnie od stanu faktycznego i wyników postępowania.

W ostatnich latach kluczowe zmiany przychodzą z poziomu UE: harmonizacja akcyzy, uszczelnianie VAT w obrocie transgranicznym, cyfryzacja raportowania oraz nowe obowiązki w handlu elektronicznym. Dla firm oznacza to nie tylko nowe wymogi dokumentacyjne, ale też nowe „punkty kontrolne” dla organów, w tym w obszarze łańcuchów dostaw, e-commerce, wyrobów akcyzowych i rzetelności danych transakcyjnych.

Dlaczego regulacje unijne realnie zwiększają intensywność kontroli w Polsce

Regulacje UE wpływają na polskie kontrole z dwóch powodów. Po pierwsze, wiele obowiązków jest implementowanych do prawa krajowego, a organy kontrolne korzystają z narzędzi analitycznych i wymiany informacji w ramach UE. Po drugie, rośnie liczba danych porównawczych, które administracje mogą zestawiać: pliki ewidencyjne, deklaracje, dane z platform, rejestry akcyzowe, informacje z innych państw.

Z perspektywy zarządu i compliance kluczowe jest to, że niezgodności mogą zostać wykryte „zdalnie” i dopiero potem przełożyć się na czynności w siedzibie spółki, zabezpieczenie dokumentacji i przesłuchania. W konsekwencji czas na reakcję bywa krótszy niż w klasycznych modelach kontroli.

VAT w UE: e-commerce i uszczelnienie rozliczeń transgranicznych

Dla wielu branż (handel, marketplace, logistyka, elektronika użytkowa) największe znaczenie mają unijne zmiany dotyczące VAT w e-commerce. Pakiet VAT e-commerce ujednolicił część zasad opodatkowania sprzedaży na odległość i wprowadził mechanizmy rozliczeń takie jak IOSS oraz doprecyzowane role platform. Podstawy prawne wynikają m.in. z dyrektywy VAT i zmian wprowadzonych w 2017 i 2019 roku, stosowanych w praktyce od 1 lipca 2021 roku [1].

Konsekwencje kontrolne w Polsce dotyczą typowo:

• ustalenia, kto jest dostawcą dla celów VAT (sprzedawca czy platforma) i czy prawidłowo rozpoznano obowiązek podatkowy,
• spójności danych o sprzedaży z raportami z systemów sprzedażowych i logistycznych,
• prawidłowości stosowania stawek i zwolnień, w tym w obrocie międzynarodowym,
• rzetelności dokumentów potwierdzających wysyłkę i miejsce konsumpcji.

W praktyce rośnie znaczenie audytu procesów: mapowania danych (systemy sprzedażowe, ERP, WMS), spójności rejestrów VAT, a także procedur due diligence wobec kontrahentów. Tam, gdzie występuje import i sprzedaż B2C, błędy w danych są częstym „zapalnikiem” do wszczęcia działań przez organy.

Nowa architektura raportowania VAT: ViDA i e-fakturowanie

Istotnym kierunkiem zmian jest pakiet „VAT in the Digital Age” (ViDA), którego celem jest zwiększenie cyfryzacji rozliczeń, w tym wprowadzenie cyfrowego raportowania transakcji wewnątrzunijnych (DRR) oraz doprecyzowanie zasad dla platform. ViDA przewiduje także ramy dla powszechniejszego e-fakturowania, w tym odejście od obowiązku uzyskiwania zgody Komisji na krajowe e-fakturowanie oparte na normie europejskiej. Szczegółowy kształt wdrożeń zależy od ostatecznych aktów prawnych UE oraz harmonogramu, ale trend jest jednoznaczny: więcej danych w krótszym czasie i mniej tolerancji dla niespójności.

Dla kontroli celno-skarbowych oznacza to łatwiejsze typowanie podmiotów do czynności sprawdzających i kontroli, bo dane będą porównywane szybciej i w sposób bardziej zautomatyzowany. W takich realiach rośnie ryzyko „kontroli z pliku”, w której organ zaczyna od anomalii w raportowaniu, a dopiero potem bada dokumenty źródłowe i realność dostaw.

Akcyza w UE: EMCS, przemieszczenia i nadzór nad wyrobami akcyzowymi

W akcyzie kluczowe znaczenie ma cyfrowy nadzór nad przemieszczeniami wyrobów akcyzowych w procedurze zawieszenia poboru akcyzy. System EMCS (Excise Movement and Control System) oraz ramy prawne wynikające z dyrektywy horyzontalnej 2020/262 oraz rozporządzenia wykonawczego 2022/1636 wpływają na praktykę kontroli: od jakości danych w komunikatach, przez terminowość potwierdzeń odbioru, po zgodność stanów magazynowych z ewidencją [2], [3].

Typowe obszary ryzyka, które przekładają się na kontrole:

• błędy w danych e-AD i komunikatach EMCS (masa, kody CN, miejsca dostawy),
• nieprawidłowości w statusie podatkowym podmiotów (skład podatkowy, zarejestrowany odbiorca),
• rozbieżności między ewidencją a stanami fizycznymi,
• nieprawidłowe stosowanie zwolnień i stawek akcyzy.

W akcyzie konsekwencje finansowe potrafią być natychmiastowe: dopłaty, odsetki, dodatkowe zobowiązania oraz ryzyko wstrzymania przemieszczeń. W określonych sytuacjach, zależnie od ustaleń, w grę wchodzi także odpowiedzialność karna skarbowa osób działających w imieniu spółki.

CBAM i podatkowe „otoczenie” importu: nowe obowiązki dowodowe i kontrolne

Choć CBAM nie jest podatkiem w rozumieniu VAT ani akcyzy, jest unijnym mechanizmem o istotnym wpływie na import i kontrole graniczne oraz następcze. Rozporządzenie 2023/956 wprowadza obowiązki sprawozdawcze w okresie przejściowym, a docelowo obowiązki związane z zakupem i umarzaniem certyfikatów CBAM dla importu wybranych towarów (m.in. żelazo i stal, aluminium, cement, nawozy, energia elektryczna, wodór oraz niektóre produkty pośrednie) [4]. Dla firm importujących towary objęte CBAM ryzyko polega na tym, że kontrola celno-skarbowa może łączyć weryfikację zgłoszeń celnych, pochodzenia i klasyfikacji towaru z oceną kompletności raportowania CBAM oraz danych emisyjnych dostawcy.

W praktyce oznacza to potrzebę:

1. zapewnienia spójności klasyfikacji CN i opisów towarów w dokumentach,
2. udokumentowania łańcucha dostaw i danych wymaganych do raportowania,
3. ustalenia odpowiedzialności w grupie kapitałowej (importer, spółka zakupowa, operator logistyczny).

Wpływ na odpowiedzialność zarządu: ryzyko finansowe, operacyjne i reputacyjne

Fakt: kontrole celno-skarbowe mogą skutkować decyzjami wymiarowymi, odsetkami, sankcjami administracyjnymi oraz w niektórych sprawach postępowaniami karnymi skarbowymi, w zależności od rodzaju naruszeń i materiału dowodowego. Opinia: wraz z cyfryzacją raportowania i zwiększeniem wymiany danych między państwami UE rośnie prawdopodobieństwo wykrycia niespójności, które wcześniej pozostawały „niewidoczne” w masowych procesach rozliczeniowych.

Z biznesowego punktu widzenia zarząd powinien traktować te obszary jako element ciągłości działania. Nawet przy braku winy umyślnej spór o klasyfikację, pochodzenie czy status akcyzowy może wstrzymać dostawy, podnieść koszty finansowania obrotu i uruchomić obowiązki informacyjne wobec kontrahentów lub instytucji finansowych.

Jak przygotować firmę na nową praktykę kontroli: minimum działań compliance

Przygotowanie powinno koncentrować się na dowodach, danych i procesach, bo to one są weryfikowane w pierwszej kolejności. Praktyczne minimum obejmuje:

• przegląd mapy przepływu danych VAT i akcyzy (systemy sprzedażowe, magazynowe, fakturowanie, EMCS),
• testy spójności danych: zamówienie – dostawa – faktura – płatność – deklaracja,
• procedury dla e-commerce (role platform, reguły miejsca opodatkowania, dokumenty transportowe),
• procedury akcyzowe (statusy, ewidencje, kontrola komunikatów EMCS, rozliczanie ubytków),
• przygotowanie „pakietu kontrolnego” dokumentów i zasad komunikacji z organami.

W sytuacji ryzyk transgranicznych uzasadnione jest przeprowadzenie audytu uprzedniego i ułożenie działań naprawczych przed wszczęciem czynności przez organ. Materiał informacyjny, nie stanowi porady prawnej.

W sprawach wymagających oceny konkretnych przepływów i dokumentów, Kopeć & Zaborowski zwykle rekomenduje szybki przegląd ryzyk i przygotowanie firmy na kontrolę celno-skarbową, a następnie wdrożenie działań korygujących oraz wsparcie w kontaktach z organami, dlatego w razie potrzeby warto przejść do omówienia sytuacji i Skontaktuj się z nami.

Bibliografia

[1] Dyrektywa Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (VAT) oraz zmiany wprowadzone m.in. Dyrektywą Rady (UE) 2017/2455 z dnia 5 grudnia 2017 r. i Dyrektywą Rady (UE) 2019/1995 z dnia 21 listopada 2019 r.

[2] Dyrektywa Rady (UE) 2020/262 z dnia 19 grudnia 2019 r. ustanawiająca ogólne zasady dotyczące podatku akcyzowego.

[3] Rozporządzenie wykonawcze Komisji (UE) 2022/1636 z dnia 5 października 2022 r. ustanawiające zasady stosowania niektórych przepisów dyrektywy Rady (UE) 2020/262 w odniesieniu do komputerowych procedur dotyczących przemieszczania wyrobów akcyzowych w procedurze zawieszenia poboru akcyzy.

[4] Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2023/956 z dnia 10 maja 2023 r. ustanawiające mechanizm dostosowywania cen na granicach z uwzględnieniem emisji CO2 (CBAM).