Jakie zmiany w przepisach dotyczących e-commerce mogą wpłynąć na kontrolę celno-skarbową?

08.01.2026

Kontrola celno-skarbowa to formalne działania Krajowej Administracji Skarbowej (KAS), które mają na celu weryfikację prawidłowości rozliczeń celnych i podatkowych oraz legalności obrotu towarowego, w szczególności w imporcie i sprzedaży transgranicznej. W e-commerce zakres ryzyk jest szerszy niż w tradycyjnym handlu: obejmuje jednocześnie cło, VAT (także w procedurach szczególnych), akcyzę, dokumentację transakcji, dane elektroniczne i zgodność łańcucha dostaw.

Zmiany regulacyjne w UE i Polsce w ostatnich latach przesuwają punkt ciężkości z kontroli wyrywkowych na kontrole oparte na danych (m.in. platformy, operatorzy pocztowi i kurierscy, zgłoszenia importowe, systemy VAT) oraz na większą rolę podmiotów pośredniczących w sprzedaży. Dla zarządu oznacza to wymierne ryzyka kosztowe (dopłaty, odsetki, kary), operacyjne (wstrzymanie towarów, blokady) i reputacyjne (postępowania wyjaśniające, nagłośnienie).

Dlaczego e-commerce jest dziś w centrum uwagi organów

Fakt: e-commerce generuje duży wolumen przesyłek o niskiej wartości, często z państw trzecich, co sprzyja błędom w klasyfikacji taryfowej, zaniżaniu wartości celnej oraz nieprawidłowościom w VAT. Organy dysponują coraz lepszym dostępem do danych: od zgłoszeń celnych, przez dane od operatorów logistycznych, po informacje od platform i administracji innych państw UE.

Opinia (zależna od modelu biznesowego): im bardziej firma opiera sprzedaż na marketplace’ach, fulfillment i szybkiej rotacji SKU, tym większa podatność na niezgodności dokumentacyjne i systemowe, które w trakcie kontroli bywają kwalifikowane jako „systemowe”, a nie incydentalne.

Pakiet VAT e-commerce: IOSS i nowe zasady rozliczeń (wpływ na kontrolę)

Zmiany wprowadzone w UE od 1 lipca 2021 r. (tzw. VAT e-commerce package) zmieniły rozliczanie sprzedaży na odległość i importu małych przesyłek. Zniesiono zwolnienie z VAT dla importu przesyłek o wartości do 22 EUR oraz wprowadzono Import One Stop Shop (IOSS) dla sprzedaży na odległość towarów importowanych w przesyłkach o wartości nieprzekraczającej 150 EUR [1].

Najczęstsze ryzyka kontrolne przy IOSS i imporcie do 150 EUR

• Nieprawidłowe przypisanie transakcji do IOSS (np. przekroczenie limitu 150 EUR, błędne łączenie pozycji, wątpliwości co do wartości).
• Niespójność danych pomiędzy deklaracjami IOSS, dokumentami sprzedaży oraz zgłoszeniami celnymi.
• Dowody transportu i miejsca konsumpcji (dla rozliczeń VAT w reżimach OSS/IOSS) gromadzone w sposób niepełny lub rozproszony w systemach.

Konsekwencje biznesowe: w kontroli spory często dotyczą nie tylko „czy VAT został rozliczony”, ale czy został rozliczony w prawidłowym państwie i w prawidłowym trybie, a także czy dane transakcyjne są audytowalne. Przy dużej skali sprzedaży niewielkie odchylenia jednostkowe przekładają się na istotne kwoty zaległości i odsetek.

Marketplace deemed supplier: platforma jako podmiot odpowiedzialny za VAT

Dyrektywa VAT oraz przepisy wdrożeniowe wprowadziły mechanizmy, w których w określonych przypadkach platforma ułatwiająca sprzedaż jest traktowana jako podmiot dokonujący dostawy (tzw. deemed supplier) [1]. Dla sprzedawców oznacza to zmianę alokacji obowiązków, ale nie znosi to ryzyk celnych i dokumentacyjnych po stronie łańcucha dostaw.

Ryzyko kontrolne: organy weryfikują spójność ról (kto jest importerem, kto jest sprzedawcą dla celów VAT, kto ponosi koszty i ryzyka w transporcie) z warunkami Incoterms, fakturowaniem, dokumentacją logistyczną i danymi w zgłoszeniach celnych. Niespójność często uruchamia pytania o wartość celną, kraj pochodzenia, a także o prawidłowość rozliczeń VAT przy imporcie.

Dane i raportowanie cyfrowe: rosnący ślad audytowy e-commerce

W praktyce kontroli rośnie znaczenie danych elektronicznych: logów z platform, historii zamówień, integracji ERP, plików JPK, a także danych z systemów przewoźników. Równolegle rozwijane są unijne narzędzia cyfrowe w obszarze VAT, w tym projekt ViDA (VAT in the Digital Age), który zakłada m.in. szersze raportowanie cyfrowe i regulacje dla platform (harmonogram i ostateczny kształt zależą od procesu legislacyjnego UE) [3].

Dla firmy oznacza to konieczność traktowania jakości danych jako elementu compliance: błędny identyfikator przesyłki, brak mapowania stawek VAT do kraju konsumpcji lub niespójne dane kontrahenta mogą wyglądać jak zaniżenie zobowiązań, nawet jeśli źródłem jest błąd integracji.

Zmiany w prawie celnym i praktyce: klasyfikacja, wartość, pochodzenie

Podstawowy reżim celny w UE wynika z Unijnego Kodeksu Celnego (UKC) [2]. W e-commerce kontrola często koncentruje się na trzech obszarach:

1. Klasyfikacja taryfowa (CN) – błędny kod może zmieniać stawkę celną, wymagania pozataryfowe i stawki VAT/akcyzy.
2. Wartość celna – ryzyka dotyczą m.in. nieuwzględnienia kosztów transportu/ubezpieczenia, rabatów, prowizji, opłat licencyjnych, relacji powiązań.
3. Pochodzenie – w kontekście ceł preferencyjnych i środków ochronnych (np. antydumping) błędy w pochodzeniu mogą generować wysokie dopłaty.

Konsekwencje: korekty celne wpływają również na VAT importowy (podstawa opodatkowania) oraz na płynność, bo organy mogą wstrzymywać zwolnienie towarów, żądać zabezpieczeń lub kwestionować procedury uproszczone.

Odpowiedzialność zarządu i sankcje: gdzie e-commerce bywa najbardziej wrażliwy

Fakt: w przypadku nieprawidłowości mogą wchodzić w grę zaległości podatkowe i celne, odsetki oraz sankcje administracyjne. W zależności od stanu faktycznego możliwa jest również odpowiedzialność na gruncie Kodeksu karnego skarbowego (KKS) za czyny związane m.in. z nierzetelnymi deklaracjami lub dokumentacją [4].

Opinia (zależna od okoliczności): największe ryzyko osobiste po stronie członków zarządu pojawia się, gdy organy uznają, że nieprawidłowości były tolerowane systemowo, a firma nie miała realnych procedur kontroli wewnętrznej, albo ignorowała sygnały z audytów i reklamacji.

Jak przygotować firmę e-commerce do kontroli celno-skarbowej

Przygotowanie powinno być mierzalne i oparte o procesy. W praktyce najczęściej działają następujące kroki:

• Mapa łańcucha dostaw i ról (importer of record, sprzedawca VAT, pośrednicy, magazyny, fulfillment).
• Przegląd master data: kody CN, kraje pochodzenia, stawki VAT, atrybuty produktów, dowody preferencji.
• Testy spójności danych: faktury – zamówienia – zgłoszenia celne – JPK/VAT – raporty marketplace.
• Procedury eskalacji dla anomalii (zaniżone wartości, nietypowe deklaracje, zwroty, reklamacje, chargeback).
• Gotowość dowodowa: archiwizacja dokumentów i danych w sposób umożliwiający szybkie udostępnienie w kontroli.

W kontekście rosnącej liczby kontroli opartych o analitykę danych, praktyczne jest okresowe przeprowadzenie przeglądu zgodności w obszarze importu i VAT e-commerce, a także przygotowanie scenariusza działań na wypadek wszczęcia kontroli celno-skarbowej. Materiał informacyjny, nie stanowi porady prawnej; ocena ryzyk zależy od konkretnych przepływów towarów, modelu sprzedaży i dokumentacji.

Bibliografia

[1] Dyrektywa Rady 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (VAT) – w brzmieniu uwzględniającym zmiany dla e-commerce, w szczególności dyrektywę 2017/2455 oraz dyrektywę 2019/1995 (pakiet VAT e-commerce stosowany od 1 lipca 2021 r.).

[2] Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 ustanawiające Unijny Kodeks Celny.

[3] Komisja Europejska, „VAT in the Digital Age (ViDA)” – materiały i dokumenty legislacyjne dostępne na stronie KE.

[4] Ustawa z dnia 10 września 1999 r. – Kodeks karny skarbowy.

Jeżeli planowane zmiany w modelu sprzedaży lub logistyce mogą zwiększać ekspozycję na ryzyka celno-VAT, warto z wyprzedzeniem zweryfikować dokumentację i dane transakcyjne oraz Skontaktuj się z nami.