Jakie zmiany w przepisach dotyczących podatków transgranicznych mogą zmienić sposób prowadzenia audytów celno-skarbowych?

08.01.2026

Podatki transgraniczne to zestaw obowiązków podatkowych powstających w związku z przepływem towarów, usług, kapitału lub funkcji biznesowych między państwami, w szczególności w VAT (WDT/WNT, import/eksport), akcyzie, podatku u źródła (WHT) oraz w rozliczeniach cen transferowych i raportowaniu schematów podatkowych. W praktyce to właśnie te obszary często stają się punktem ciężkości audytów i działań w ramach kontroli celno-skarbowej, ponieważ łączą ryzyka fiskalne z ryzykiem nadużyć, błędów dokumentacyjnych i nieprawidłowej klasyfikacji transakcji.

Materiał ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej. Ocena ryzyk i obowiązków zawsze zależy od stanu faktycznego, łańcucha dostaw i dokumentacji.

Dlaczego zmiany w podatkach transgranicznych wpływają na audyty celno-skarbowe

Audyt celno-skarbowy w sprawach transgranicznych rzadko dotyczy wyłącznie jednej daniny. Ten sam przepływ gospodarczy bywa analizowany równolegle pod kątem:

• prawidłowości rozliczeń VAT przy imporcie/eksporcie i w transakcjach łańcuchowych,
• poprawności deklaracji akcyzowych i ewidencji,
• zasad poboru WHT (beneficial owner, należyta staranność, rzeczywisty charakter świadczeń),
• spójności dokumentacji cen transferowych z fakturowaniem i logistyką.

Zmiany legislacyjne i interpretacyjne w obszarze transgranicznym powodują, że organy częściej łączą źródła danych, skracają czas na weryfikację i podnoszą oczekiwany standard dowodowy. Dla biznesu oznacza to wzrost kosztów compliance, większą ekspozycję członków zarządu na ryzyka finansowe i reputacyjne oraz ryzyko zakłóceń operacyjnych (wstrzymania zwrotów VAT, zabezpieczenia, blokady).

Zmiany w VAT w handlu międzynarodowym: większa rola danych i łańcuchów dostaw

W VAT transgranicznym kluczowy jest trend polegający na „uszczelnianiu” poprzez raportowanie cyfrowe i porównywanie danych z wielu jurysdykcji. Na poziomie UE widać kierunek w stronę szerszego e-fakturowania i raportowania transakcji (inicjatywa ViDA) oraz dalszego ujednolicania zasad dla transakcji wewnątrzwspólnotowych [1]. Nawet jeśli konkretne obowiązki wdrożeniowe są rozłożone w czasie, audyty dostosowują się wcześniej: organy oczekują spójności danych między fakturą, transportem, warunkami Incoterms, płatnościami i rejestrem kontrahentów.

Praktyczne konsekwencje dla audytów:

• częstsze badanie transakcji łańcuchowych oraz przypisania transportu (ryzyko błędnej stawki 0% i korekt),
• większy nacisk na dowody wywozu/dostawy i ich jakość (nie tylko „czy są”, ale czy są spójne),
• weryfikacja kontrahenta i należytej staranności w łańcuchu (ryzyko udziału w oszustwie karuzelowym).

Podatek u źródła (WHT): audyty „treści ekonomicznej” i należytej staranności

W obszarze WHT audyty coraz częściej przesuwają się z poziomu formalnego (certyfikat rezydencji, oświadczenie) na poziom materialny: czy odbiorca należności jest rzeczywistym właścicielem (beneficial owner), czy posiada substancję i ponosi ryzyko ekonomiczne oraz czy płatnik dochował należytej staranności przy stosowaniu zwolnień i preferencji [2].

Ryzyka biznesowe obejmują:

• konieczność zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami,
• spory o status płatnika i odpowiedzialność osób działających w imieniu spółki,
• ryzyko zakwestionowania kosztów podatkowych i przepływów w grupie.

W audycie organy oczekują dowodów „end-to-end”: umów, opisów usług, raportów z wykonania, kalkulacji wynagrodzenia, analizy funkcji i ryzyk, a także dokumentów potwierdzających, kto faktycznie dysponuje należnością. Brak spójności dokumentacyjnej podnosi prawdopodobieństwo doszacowania i sankcji.

Ceny transferowe: spójność TP z cłem, VAT i realnym łańcuchem wartości

W transakcjach towarowych ceny transferowe wpływają nie tylko na CIT, ale pośrednio również na ryzyka w VAT i w obszarze celnym, zwłaszcza gdy korekty cen (TP adjustments) zmieniają ekonomiczną wartość dostaw. Audyty coraz częściej badają, czy dokumentacja TP odpowiada temu, co wynika z faktur, warunków dostaw, rozliczeń bonusów/rabatów i rzeczywistych funkcji w łańcuchu.

W praktyce problematyczne są m.in. roczne korekty cen oraz rozliczenia usług wewnątrzgrupowych, gdy opis świadczenia jest ogólny. To obszar, w którym brak przygotowania może skutkować „efektem domina”: korekty w CIT generują pytania o VAT, a przy imporcie także o wartość celną.

MDR i wymiana informacji: większe prawdopodobieństwo typowania do kontroli

Raportowanie schematów podatkowych (MDR) oraz automatyczna wymiana informacji podatkowych zwiększają zdolność organów do typowania podmiotów do kontroli. W sprawach transgranicznych audyty są często inicjowane nie „przypadkiem”, lecz na podstawie sygnałów z danych: nietypowych przepływów, powtarzalnych strat, płatności do jurysdykcji o podwyższonym ryzyku, braku spójności deklaracji i JPK. W konsekwencji rośnie znaczenie zarządzania ryzykiem podatkowym w czasie rzeczywistym, a nie wyłącznie reakcyjnie po wszczęciu kontroli.

Jak zmienia się sposób prowadzenia audytów: od dokumentów do procesów

Trend rynkowy jest spójny: audyt nie kończy się na „papierach”, tylko obejmuje procesy decyzyjne i kontrolę wewnętrzną. Dla zarządów oznacza to potrzebę wykazania, że firma działała w sposób zorganizowany i staranny, a nie incydentalny. W ocenie ryzyk ważne są m.in. standardy obiegu dokumentów, matryca odpowiedzialności (kto akceptuje stawkę VAT 0%, kto weryfikuje kontrahenta, kto zatwierdza płatności WHT) oraz ścieżka audytu w systemach ERP.

Przygotowanie firmy: minimalny pakiet działań przed kontrolą

W realiach częstszych zmian i rosnącej „analityki danych” po stronie organów, przygotowanie do audytu powinno obejmować działania praktyczne:

1. Mapowanie transakcji transgranicznych – identyfikacja typów transakcji, jurysdykcji, warunków dostawy, punktów ryzyka.
2. Test spójności danych – porównanie faktur, dokumentów transportowych, płatności, ewidencji VAT/JPK oraz umów.
3. WHT due diligence – checklisty należytej staranności, aktualizacja dokumentów beneficial owner i evidence pack.
4. Przegląd TP adjustments – procedury korekt i ich wpływ na inne rozliczenia (VAT, rozliczenia z dostawcami).
5. Procedura obsługi kontroli – role, terminy, zasady komunikacji, archiwizacja dowodów.

Sankcje i konsekwencje: co realnie jest stawką

Fakty: w zależności od naruszenia w grę mogą wchodzić zaległości podatkowe, odsetki, dodatkowe zobowiązania w VAT (sankcje administracyjne) oraz odpowiedzialność karna skarbowa osób fizycznych, jeżeli spełnione są przesłanki z Kodeksu karnego skarbowego [3]. Dodatkowo postępowanie może wpływać na płynność (wstrzymanie zwrotów, zabezpieczenia) i relacje z bankami, ubezpieczycielami oraz kontrahentami.

Opinia: w praktyce największym kosztem bywa nie sama kwota sporu, lecz czas zarządu, ryzyko przerwania łańcucha dostaw i utrata przewidywalności finansowej, szczególnie gdy firma działa na niskich marżach i dużej rotacji.

Wsparcie w doborze strategii dowodowej i komunikacji z organami

W sprawach transgranicznych kluczowe jest szybkie ustalenie „tezy dowodowej”: jakie fakty firma musi wykazać, jakimi dokumentami i w jakiej kolejności. Na tym etapie często przesądza się, czy sprawa pozostanie w ramach korekt, czy eskaluje w kierunku sankcji i odpowiedzialności osobistej. Kopeć & Zaborowski (KKZ) w praktyce spraw korporacyjnych i karno-skarbowych zwraca uwagę, że przygotowanie pakietu dowodowego przed pierwszymi wezwaniami ogranicza ryzyko rozbieżnych wyjaśnień i niekontrolowanego „rozszerzania” zakresu kontroli.

Jeżeli firma identyfikuje ryzyka w VAT/WHT/TP lub spodziewa się działań organów w obszarze transgranicznym, warto zlecić przegląd gotowości i dokumentacji pod kątem tego, jak dziś przebiega kontrola celno-skarbowa i jakie dowody są w niej krytyczne, dlatego w razie potrzeby najlepiej Skontaktuj się z nami.

Bibliografia

1. Komisja Europejska, VAT in the Digital Age (ViDA) – pakiet zmian legislacyjnych dotyczących VAT w erze cyfrowej, materiały informacyjne i dokumenty dostępne w serwisie Commission.europa.eu. [1]
2. Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (CIT) – przepisy dotyczące podatku u źródła oraz warunków stosowania zwolnień i preferencji, w tym weryfikacji dochowania należytej staranności przez płatnika. [2]
3. Ustawa z dnia 10 września 1999 r. – Kodeks karny skarbowy. [3]