Korekty transferowe a podstawa opodatkowania VAT i cła – wpływ korekt TP na obciążenia fiskalne

17.11.2025

Transakcje pomiędzy podmiotami powiązanymi od lat znajdują się w centrum zainteresowania organów podatkowych i celnych. Ustalanie cen transferowych (TP) zgodnie z zasadą ceny rynkowej oraz ich późniejsze korekty mogą mieć istotny wpływ nie tylko na rozliczenia podatku dochodowego, ale również na podstawę opodatkowania VAT oraz wartość celną towarów. Problem ten szczególnie dotyka przedsiębiorców działających w ramach międzynarodowych grup kapitałowych, importujących towary lub usługi od podmiotów powiązanych.

Z praktyki kontrolnej organów celno-skarbowych wynika, że obszar wpływu korekt cen transferowych na VAT i cło jest często pomijany przez podatników w ich strategiach podatkowych. Tymczasem konsekwencje finansowe błędnego podejścia mogą być znaczące – od niedopłaty podatku VAT i należności celnych, przez odsetki za zwłokę, aż po sankcje karne skarbowe. W niniejszym artykule kompleksowo przeanalizujemy, w jaki sposób korekty TP oddziałują na podstawę opodatkowania VAT oraz wartość celną, a także jakie kroki należy podjąć, by zminimalizować ryzyko podatkowe w tym zakresie.

Czym są korekty cen transferowych i dlaczego są przeprowadzane?

Korekty cen transferowych (TP) to mechanizm pozwalający podmiotom powiązanym na dostosowanie cen transakcji do poziomu rynkowego. Są one przeprowadzane, gdy pierwotnie ustalone ceny odbiegają od tych, które zostałyby uzgodnione między podmiotami niepowiązanymi. Korekty TP można podzielić na dwie główne kategorie: korekty bieżące (dokonywane w trakcie roku podatkowego) oraz korekty roczne (realizowane po zakończeniu roku podatkowego).

Przedsiębiorcy decydują się na korekty z różnych powodów – od chęci dostosowania cen do zmieniających się warunków rynkowych, przez realizację przyjętej polityki cen transferowych, aż po konieczność korekty wynikającą z wytycznych organów podatkowych po przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej. Warto podkreślić, że korekty mogą mieć charakter zarówno zwiększający, jak i zmniejszający pierwotną cenę transakcji.

Właściwe przeprowadzenie korekty cen transferowych wymaga spełnienia określonych warunków formalnych, w tym posiadania odpowiedniej dokumentacji TP oraz uwzględnienia wpływu korekty na inne podatki, w tym VAT i cło.

Jaki jest wpływ korekt TP na podstawę opodatkowania VAT?

Zgodnie z art. 29a ustawy o podatku od towarów i usług, podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dostawca towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży. W kontekście korekt cen transferowych kluczowe znaczenie ma art. 29a ust. 13 i 14 ustawy o VAT, który reguluje zasady korygowania podstawy opodatkowania.

Gdy korekta TP prowadzi do zwiększenia ceny, podatnik powinien odpowiednio podwyższyć podstawę opodatkowania VAT i wystawić fakturę korygującą zwiększającą. Obowiązek podatkowy z tytułu takiej korekty powstaje w okresie rozliczeniowym, w którym nastąpiła przyczyna korekty – co często bywa przedmiotem sporów z organami kontroli podatkowej.

W przypadku korekty zmniejszającej, konieczne jest wystawienie faktury korygującej zmniejszającej. Podatnik może obniżyć podstawę opodatkowania oraz kwotę VAT należnego pod warunkiem posiadania dokumentacji potwierdzającej uzgodnienie z nabywcą warunków obniżenia oraz potwierdzenie otrzymania faktury korygującej przez nabywcę.

Czy korekty TP mają wpływ na wartość celną towarów importowanych?

Wartość celna stanowi podstawę do obliczenia należności celnych przywozowych oraz podatku VAT z tytułu importu towarów. Zgodnie z art. 70 Unijnego Kodeksu Celnego (UKC), pierwszorzędną metodą ustalania wartości celnej jest metoda wartości transakcyjnej, czyli cena faktycznie zapłacona lub należna za towary.

Korekty cen transferowych mogą bezpośrednio wpływać na wartość celną towarów importowanych od podmiotów powiązanych. Jeżeli korekta TP prowadzi do zwiększenia ceny, importer powinien rozważyć konieczność dokonania zgłoszenia uzupełniającego i dopłaty należności celnych oraz VAT importowego.

W przypadku korekt zmniejszających, możliwość zwrotu nadpłaconych należności celnych zależy od spełnienia warunków określonych w art. 73-74 UKC oraz rozporządzeniu wykonawczym do UKC. Kluczowe znaczenie ma tu możliwość udowodnienia, że korekta była planowana i wynikała z warunków umownych istniejących przed dokonaniem importu.

Jakie są różnice w podejściu do korekt TP na gruncie VAT i prawa celnego?

Mimo pozornego podobieństwa, przepisy VAT i celne różnią się w podejściu do korekt cen transferowych. Na gruncie VAT istnieje jasno określona procedura korygowania podstawy opodatkowania, podczas gdy przepisy celne są bardziej restrykcyjne, szczególnie w zakresie korekt zmniejszających wartość celną.

Prawo celne wymaga, aby korekty były przewidziane w umowie zawartej przed importem, natomiast VAT skupia się na momencie wystąpienia przyczyny korekty. Dodatkowo, organy kontroli celno-skarbowej często kwestionują możliwość obniżenia wartości celnej w wyniku korekt rocznych, argumentując, że nie były one przewidywalne w momencie importu.

Te różnice powodują, że podatnicy mogą znaleźć się w sytuacji, gdy korekta TP jest uznawana dla celów podatku dochodowego i VAT, ale odrzucana na gruncie przepisów celnych.

Jak prawidłowo udokumentować korekty TP dla celów VAT i celnych?

Prawidłowa dokumentacja korekt cen transferowych jest kluczowa dla ich skuteczności na gruncie VAT i prawa celnego. Dla celów VAT niezbędne jest wystawienie faktury korygującej zgodnie z art. 106j ustawy o VAT oraz posiadanie dowodów uzgodnienia korekty z kontrahentem.

Dla celów celnych dokumentacja powinna obejmować:

• Umowy zawarte przed importem, przewidujące możliwość korekty cen
• Politykę cen transferowych grupy kapitałowej
• Dokumenty potwierdzające przyczyny korekty
• Faktury korygujące oraz dowody zapłaty lub zwrotu różnicy

Kompleksowa i spójna dokumentacja znacząco zmniejsza ryzyko zakwestionowania korekty podczas kontroli podatkowej lub celno-skarbowej. W przypadku wątpliwości, warto rozważyć wystąpienie o wydanie Wiążącej Informacji Stawkowej (WIS) lub Wiążącej Informacji Celnej (WIC).

Jakie ryzyka niesie za sobą nieprawidłowe podejście do korekt TP w kontekście VAT i cła?

Nieprawidłowe podejście do korekt cen transferowych może skutkować poważnymi konsekwencjami podatkowymi. W przypadku korekt zwiększających, pominięcie ich wpływu na VAT i cło może prowadzić do zaniżenia zobowiązań podatkowych, a w konsekwencji do naliczenia odsetek za zwłokę i nałożenia sankcji karnych skarbowych.

Z kolei przy korektach zmniejszających, nieprawidłowe udokumentowanie może skutkować odmową uznania prawa do obniżenia podstawy opodatkowania VAT lub zwrotu nadpłaconych należności celnych. W skrajnych przypadkach organy mogą zakwestionować całą politykę cen transferowych i dokonać własnej wyceny transakcji.

Warto zauważyć, że obszar wpływu korekt TP na VAT i cło jest coraz częściej przedmiotem kontroli podatkowych, zwłaszcza w przypadku podmiotów dokonujących znaczących importów od podmiotów powiązanych.

Jak przygotować się do kontroli celno-skarbowej w zakresie korekt TP?

Właściwe przygotowanie do kontroli celno-skarbowej wymaga kompleksowego podejścia. Przede wszystkim należy zadbać o kompletną i spójną dokumentację cen transferowych, uwzględniającą nie tylko aspekty podatku dochodowego, ale również VAT i cła. Dokumentacja ta powinna być regularnie aktualizowana i dostosowywana do zmieniających się warunków rynkowych.

Przed kontrolą warto przeprowadzić wewnętrzny audyt, weryfikujący poprawność rozliczeń podatkowych związanych z korektami TP. W przypadku wykrycia nieprawidłowości należy rozważyć dokonanie korekty deklaracji podatkowych i zgłoszeń celnych zanim organ kontroli zidentyfikuje problem.

Kancelaria prawna Kopeć Zaborowski Adwokaci i Radcowie Prawni oferuje kompleksowe wsparcie w przygotowaniu do kontroli celno-skarbowej, obejmujące zarówno weryfikację dokumentacji cen transferowych, jak i ocenę ryzyka podatkowego związanego z korektami TP.

Czy i jak można odzyskać nadpłacone cło w wyniku korekty TP zmniejszającej wartość celną?

Odzyskanie nadpłaconego cła w wyniku korekty cen transferowych zmniejszającej wartość celną jest możliwe, ale obwarowane rygorystycznymi warunkami. Zgodnie z art. 116-120 UKC, zwrot należności celnych może nastąpić na wniosek importera złożony w terminie 3 lat od dnia powiadomienia o długu celnym.

Kluczowym warunkiem jest udowodnienie, że korekta była planowana przed dokonaniem importu i wynikała z umowy między stronami. Organy celne oczekują dokumentów potwierdzających, że:

1. Umowa zawarta przed importem przewidywała mechanizm korekty cen
2. Korekta została faktycznie dokonana i udokumentowana
3. Nastąpił rzeczywisty przepływ środków finansowych odpowiadający korekcie

Praktyka organów celnych pokazuje, że korekty roczne (dokonywane ex post) są często kwestionowane jako nieprzewidziane w momencie importu, co znacząco utrudnia odzyskanie nadpłaconego cła.

W jaki sposób ująć korekty TP w deklaracjach VAT i zgłoszeniach celnych?

Prawidłowe ujęcie korekt cen transferowych w deklaracjach VAT zależy od rodzaju korekty. Korekty zwiększające podstawę opodatkowania należy wykazać w deklaracji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu korekty. Korekty zmniejszające wykazuje się w okresie, w którym nabywca otrzymał fakturę korygującą.

W przypadku zgłoszeń celnych, korekty zwiększające wartość celną wymagają złożenia zgłoszenia uzupełniającego zgodnie z art. 173 UKC. Przy korektach zmniejszających konieczne jest złożenie wniosku o zwrot nadpłaconych należności celnych.

Warto pamiętać, że dla importu towarów, korekta wartości celnej wpływa również na podstawę opodatkowania VAT z tytułu importu. Korekta importu wymaga więc skorygowania zarówno zgłoszenia celnego, jak i rozliczenia VAT importowego.

Jakie jest aktualne orzecznictwo i interpretacje dotyczące wpływu korekt TP na VAT i cło?

Orzecznictwo sądów administracyjnych oraz interpretacje organów podatkowych i celnych w zakresie wpływu korekt TP na VAT i cło wciąż ewoluują. W odniesieniu do VAT, kluczowe znaczenie miał wyrok TSUE w sprawie C-529/16 (Hamamatsu), który wskazał na problematyczność korekt rocznych dla ustabilizowania ostatecznej podstawy opodatkowania VAT.

Na gruncie prawa celnego, polskie sądy administracyjne często podzielają restrykcyjne podejście organów celnych do korekt zmniejszających wartość celną. Przykładem jest wyrok NSA o sygn. I GSK 1505/18, w którym sąd potwierdził, że retrospektywne korekty cen transferowych nie mają wpływu na wartość celną, jeśli nie były przewidziane w momencie importu.

Z drugiej strony, w interpretacjach indywidualnych dotyczących VAT, organy podatkowe coraz częściej akceptują możliwość korygowania podstawy opodatkowania w wyniku korekt TP, pod warunkiem właściwego udokumentowania przyczyny korekty.

Praktyczne rekomendacje dla przedsiębiorców w zakresie zarządzania ryzykiem podatkowym związanym z korektami TP

Aby efektywnie zarządzać ryzykiem podatkowym związanym z korektami cen transferowych, przedsiębiorcy powinni wdrożyć następujące praktyki:

• Uwzględniać wpływ potencjalnych korekt TP na VAT i cło już na etapie tworzenia polityki cen transferowych
• Zawierać w umowach z podmiotami powiązanymi szczegółowe klauzule dotyczące mechanizmów korekt cen
• Dokumentować przyczyny i metodologię każdej korekty
• Regularnie monitorować zgodność cen transferowych z zasadą ceny rynkowej
• Rozważyć ubieganie się o uprzednie porozumienia cenowe (APA) dla kluczowych transakcji

W przypadku skomplikowanych struktur międzynarodowych warto rozważyć przeprowadzenie kompleksowego audytu podatkowego obejmującego wszystkie aspekty korekt TP. Doradztwo podatkowe świadczone przez doświadczonych specjalistów może znacząco zminimalizować ryzyko związane z korektami cen transferowych.

Bibliografia:

1. Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2021 r. poz. 685 z późn. zm.)
2. Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 z dnia 9 października 2013 r. ustanawiające unijny kodeks celny
3. Wyrok TSUE w sprawie C-529/16 Hamamatsu Photonics Deutschland GmbH przeciwko Hauptzollamt München
4. Wyrok NSA z dnia 6 marca 2019 r., sygn. I GSK 1505/18
5. Wytyczne OECD w sprawie cen transferowych dla przedsiębiorstw wielonarodowych oraz administracji podatkowych (2022)
6. Biuletyn Informacji Publicznej Ministerstwa Finansów – Interpretacje indywidualne Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z zakresu podatku VAT i prawa celnego