Sprzeciw wobec czynności kontrolnych: dlaczego nie zadziała w kontroli celno-skarbowej i co zamiast niego?

12.09.2026

Sprzeciw wobec czynności kontrolnych to instrument przewidziany w Prawie przedsiębiorców, który pozwala przedsiębiorcy zakwestionować podjęcie lub wykonywanie kontroli z naruszeniem określonych zasad. Nie jest jednak środkiem dostępnym w każdym postępowaniu prowadzonym przez administrację. W szczególności nie ma zastosowania, gdy wobec firmy prowadzona jest kontrola celno-skarbowa.

Dla zarządu i osób odpowiedzialnych za compliance ma to istotne znaczenie praktyczne. Złożenie pisma zatytułowanego „sprzeciw” nie wstrzyma czynności Krajowej Administracji Skarbowej, nie zatrzyma biegu kontroli ani nie zabezpieczy terminów do podjęcia właściwych działań obronnych. W sprawach podatkowych, celnych, akcyzowych i karnoskarbowych skuteczność zależy od prawidłowego rozpoznania trybu postępowania oraz szybkiej reakcji na konkretne czynności organu.

Dlaczego sprzeciw nie przysługuje w kontroli celno-skarbowej?

Podstawą prawną sprzeciwu jest art. 59 ustawy z 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców. Przedsiębiorca może z niego skorzystać, jeżeli organ podejmuje lub wykonuje kontrolę z naruszeniem wskazanych w tym przepisie zasad rozdziału 5 tej ustawy, dotyczących m.in. zawiadomienia o kontroli, czasu jej trwania czy równoczesnego prowadzenia kontroli [1].

Ustawodawca wyłączył jednak stosowanie rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców do kontroli celno-skarbowej. Wynika to wprost z art. 62 ust. 5 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej [2]. Oznacza to, że przepisy stanowiące podstawę sprzeciwu nie obowiązują w tym trybie.

Nie jest to wyłącznie formalna różnica. Kontrola celno-skarbowa służy sprawdzaniu przestrzegania przepisów prawa podatkowego, celnego, dewizowego oraz regulacji dotyczących m.in. obrotu towarowego. Organ może wszcząć ją bez wcześniejszego zawiadomienia, a kontrolowany powinien reagować w terminach wyznaczonych w wezwaniach organu oraz w przepisach dotyczących korekty rozliczeń.

Trzy sytuacje, które należy odróżnić od kontroli celno-skarbowej

Brak sprzeciwu nie oznacza, że przedsiębiorca nie ma żadnych środków ochrony. Kluczowe jest jednak rozróżnienie kontroli celno-skarbowej od innych trybów oraz dobranie środka adekwatnego do etapu sprawy.

1. Zwykła kontrola działalności gospodarczej

Sprzeciw może mieć zastosowanie w kontroli prowadzonej wobec przedsiębiorcy na zasadach Prawa przedsiębiorców, jeżeli organ narusza przepisy rozdziału 5 tej ustawy. Dotyczy to przykładowo sytuacji, w których kontrola jest wszczynana bez wymaganego zawiadomienia albo prowadzona z naruszeniem ograniczeń dotyczących czasu kontroli. Każdorazowo trzeba jednak ustalić, czy ustawa szczególna nie wyłącza tych regulacji.

2. Kontrola podatkowa prowadzona na podstawie Ordynacji podatkowej

Kontrola podatkowa nie jest tożsama z kontrolą celno-skarbową. Jest uregulowana przede wszystkim w Dziale VI Ordynacji podatkowej. Do kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy stosuje się co do zasady przepisy rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców, na podstawie art. 291c Ordynacji podatkowej, z uwzględnieniem odrębności i wyłączeń wynikających z tej ustawy. Nie można jednak automatycznie zakładać, że środek właściwy dla kontroli podatkowej będzie dostępny w kontroli celno-skarbowej lub w postępowaniu podatkowym wszczętym po takiej kontroli.

3. Postępowanie podatkowe po przekształceniu kontroli

Jeżeli kontrolowany nie złoży korekty deklaracji uwzględniającej ustalenia kontroli albo organ nie uwzględni złożonej korekty, kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe w zakresie objętym tą kontrolą. Na tym etapie zasadniczym instrumentem obrony staje się odwołanie od decyzji podatkowej, a następnie skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Przedmiotem sporu mogą być wtedy zarówno ustalenia merytoryczne, jak i naruszenia proceduralne, jeżeli mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy [3][4].

Co zamiast sprzeciwu w kontroli celno-skarbowej?

W kontroli celno-skarbowej strategia nie powinna opierać się na mechanicznej próbie zablokowania czynności. Priorytetem jest zabezpieczenie materiału dowodowego, kontrola komunikacji z organem oraz zachowanie terminów. Firma powinna ustalić, jaki jest formalny zakres kontroli, za jakie okresy jest prowadzona i jakie obowiązki dokumentacyjne wynikają z przepisów oraz wezwań organu.

W praktyce znaczenie mają w szczególności:

analiza upoważnienia do przeprowadzenia kontroli oraz legitymacji służbowych osób wykonujących czynności;
wyznaczenie jednej osoby odpowiedzialnej za kontakt z organem i obieg informacji wewnątrz firmy;
zabezpieczenie ksiąg, faktur, dokumentów transportowych, korespondencji handlowej oraz danych elektronicznych;
weryfikacja, czy żądane dokumenty dotyczą zakresu kontroli;
sporządzanie notatek z czynności, wezwań, wydanych dokumentów i składanych wyjaśnień;
ocena zasadności złożenia korekty deklaracji w ustawowym terminie.

Ustawa o KAS przewiduje, że kontrola celno-skarbowa kończy się doręczeniem wyniku kontroli. Kontrolowany ma co do zasady 14 dni od doręczenia wyniku na skorygowanie deklaracji w zakresie objętym kontrolą [2]. Decyzja o korekcie wymaga uprzedniej oceny skutków podatkowych, odsetkowych, karnoskarbowych i kontraktowych. Nie powinna być podejmowana wyłącznie po to, aby szybko zakończyć kontakt z organem.

Ryzyko błędnej reakcji dla zarządu i firmy

Błędne zastosowanie sprzeciwu może stworzyć fałszywe poczucie bezpieczeństwa. W tym czasie mogą upłynąć terminy na złożenie korekty, odpowiedź na wezwanie lub przygotowanie materiału dowodowego. Ryzyko obejmuje nie tylko zaległość podatkową i odsetki, ale także — w sprawach, w których przepisy je przewidują — dodatkowe zobowiązanie podatkowe, odpowiedzialność karnoskarbową osób odpowiedzialnych za rozliczenia oraz konsekwencje reputacyjne wobec kontrahentów i instytucji finansujących.

Faktem jest, że kontrola celno-skarbowa może dotyczyć także rozliczeń z udziałem wielu podmiotów, łańcuchów dostaw i transakcji zagranicznych. Ocena odpowiedzialności członków zarządu lub pracowników zawsze zależy jednak od indywidualnego stanu faktycznego, zakresu obowiązków, posiadanej wiedzy oraz podjętych działań nadzorczych.

Materiał ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej. Właściwa reakcja wymaga szybkiego ustalenia trybu sprawy i oceny dokumentów, dlatego w przypadku wszczęcia kontroli celno-skarbowej lub otrzymania wyniku kontroli warto skontaktować się z nami.

FAQ – sprzeciw wobec czynności kontrolnych

Czy można złożyć sprzeciw na kontrolę celno-skarbową?

Nie. Przepisy rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców, w tym art. 59 regulujący sprzeciw, nie mają zastosowania do kontroli celno-skarbowej na podstawie art. 62 ust. 5 ustawy o KAS.

Czy organ musi wcześniej zawiadomić o kontroli celno-skarbowej?

Co do zasady nie. Kontrola celno-skarbowa może zostać wszczęta bez uprzedniego zawiadomienia przedsiębiorcy. To jedna z istotnych różnic względem kontroli działalności gospodarczej prowadzonej na zasadach Prawa przedsiębiorców.

Co należy zrobić po doręczeniu wyniku kontroli celno-skarbowej?

Należy przeanalizować ustalenia organu, zgromadzony materiał dowodowy i możliwość złożenia korekty deklaracji. Ustawa o KAS przewiduje co do zasady 14 dni na korektę w zakresie objętym kontrolą.

Czy korekta deklaracji kończy sprawę?

Nie zawsze. Złożenie korekty uwzględniającej ustalenia kontroli może co do zasady zapobiec przekształceniu kontroli w postępowanie podatkowe w zakresie objętym korektą, jeżeli organ ją uwzględni. Jej skutki zależą jednak od rodzaju nieprawidłowości oraz innych działań prowadzonych przez organ.

Czy w kontroli celno-skarbowej można kwestionować działania organu?

Tak, ale nie za pomocą sprzeciwu z Prawa przedsiębiorców. Możliwe środki zależą od rodzaju czynności i etapu sprawy, a po wydaniu decyzji podatkowej zasadnicze znaczenie ma odwołanie oraz kontrola sądowoadministracyjna.

Czy kontrola celno-skarbowa może prowadzić do odpowiedzialności karnoskarbowej?

Może ujawnić okoliczności istotne dla odpowiedzialności karnoskarbowej, ale sama kontrola nie przesądza o jej poniesieniu. Odpowiedzialność wymaga odrębnej oceny ustawowych przesłanek i roli konkretnej osoby.