Kontrola celno-skarbowa w branży farmaceutycznej – specyfika i najczęstsze nieprawidłowości

26.02.2026

Kontrola celno-skarbowa to sformalizowane działanie Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) polegające na weryfikacji przestrzegania przepisów prawa celnego, podatkowego oraz związanych z obrotem towarowym, w tym w szczególności prawidłowości rozliczeń i wywiązywania się z obowiązków wobec organów. W branży farmaceutycznej jej przebieg i zakres bywają bardziej wymagające niż w wielu innych sektorach, ponieważ łączą się z obrotem międzynarodowym, produktami wrażliwymi, złożonym łańcuchem dostaw oraz wysoką wartością towarów.

Dlaczego branża farmaceutyczna jest wrażliwa na kontrole

Profil ryzyka w farmacji wynika z kilku czynników biznesowych, które bezpośrednio przekładają się na zainteresowanie organów:

• wysoka wartość jednostkowa substancji czynnych, leków gotowych, odczynników oraz wyrobów medycznych, co zwiększa znaczenie prawidłowej klasyfikacji taryfowej i podstawy opodatkowania;
• złożone modele dostaw (import API, przepakowywanie, etykietowanie, serializacja, dystrybucja wielokanałowa), co generuje ryzyka w zakresie przypisania roli importera, miejsca powstania długu celnego i rozliczeń VAT;
• regulacyjny charakter rynku (GMP, GDP, wymagania jakościowe), który powoduje, że błędy w dokumentacji mogą dotyczyć nie tylko finansów, ale też ciągłości operacyjnej i reputacji;
• częste transakcje wewnątrzgrupowe, które podnoszą ryzyko sporu o wartość celną i elementy ceny.

Zakres i podstawa prawna działań organów

Podstawę materialnoprawną stanowią przepisy unijnego prawa celnego, w tym Unijny Kodeks Celny oraz akty wykonawcze, a także przepisy krajowe dotyczące KAS i kontroli celno-skarbowej. W praktyce kontrola obejmuje m.in. poprawność zgłoszeń celnych, pochodzenia, klasyfikacji taryfowej, wartości celnej, zwolnień i preferencji, a także rozliczeń podatkowych związanych z importem i obrotem krajowym.

Z perspektywy zarządu istotne jest, że kontrola może skutkować ustaleniem zaległości (cło, VAT, akcyza, jeśli dotyczy), naliczeniem odsetek, a w określonych konfiguracjach również ryzykiem odpowiedzialności karnej skarbowej osób odpowiedzialnych za rozliczenia. Ocena zawsze zależy od stanu faktycznego i sposobu organizacji procesu zgodności w firmie.

Najczęstsze nieprawidłowości w branży farmaceutycznej

1) Błędy w klasyfikacji taryfowej (CN)

W farmacji spory klasyfikacyjne bywają częste, zwłaszcza na styku: substancje czynne vs preparaty, mieszaniny chemiczne, odczynniki diagnostyczne, produkty o podwójnym zastosowaniu, a także wyroby na pograniczu leku i wyrobu medycznego. Konsekwencją może być niewłaściwa stawka celna, a w efekcie zaległość oraz korekty deklaracji.

2) Spory o wartość celną i elementy ceny

Typowe punkty zapalne to transakcje z podmiotami powiązanymi, rabaty potransakcyjne, opłaty licencyjne, płatności za know-how, koszty transportu i ubezpieczenia oraz rozliczenia za usługi wsparcia (np. centralne zakupy, zarządzanie łańcuchem dostaw). Organy weryfikują, czy elementy te powinny zostać doliczone do wartości celnej zgodnie z zasadami z art. 70–74 Unijnego Kodeksu Celnego.

3) Niespójności w dokumentacji importowej i jakościowej

W branży regulowanej dokumentacja jest rozbudowana: specyfikacje, certyfikaty analizy (CoA), deklaracje zgodności, dokumenty transportowe, świadectwa pochodzenia, pozwolenia. Rozbieżności pomiędzy fakturą, packing list, zgłoszeniem celnym a dokumentami jakościowymi często prowadzą do pytań o rzeczywisty charakter towaru, ilość, skład, przeznaczenie i kod CN.

4) Preferencje i pochodzenie towarów

Stosowanie stawek preferencyjnych wymaga wykazania pochodzenia na zasadach wynikających z umów handlowych oraz przepisów wykonawczych. W farmacji łańcuch dostaw jest globalny, a „kraj pochodzenia” bywa mylony z „krajem wysyłki”. Błędy w pochodzeniu mogą skutkować domiarem cła i odsetek.

5) VAT importowy i rozliczenia okołotransakcyjne

Ryzyka dotyczą m.in. prawa do odliczenia, momentu powstania obowiązku, rozliczeń w procedurach uproszczonych oraz zgodności danych między systemami (ERP, WMS) a dokumentami celnymi. W praktyce organy często analizują spójność deklaracji VAT z danymi ze zgłoszeń celnych oraz ewidencjami magazynowymi.

Obowiązki firmy w trakcie kontroli: operacyjnie i dowodowo

Kluczowe znaczenie ma zdolność do szybkiego przedstawienia spójnych danych i dokumentów. W farmacji problemem bywa rozproszenie informacji między działem jakości, logistyką, zakupami, finansami oraz podmiotami zewnętrznymi (agencja celna, operator logistyczny). Praktycznie warto zadbać o:

1. mapę procesu importu i dystrybucji (kto odpowiada za kod CN, pochodzenie, licencje, zgłoszenia);
2. centralny rejestr zgłoszeń i dokumentów powiązany z partiami i numerami serii;
3. jednolite zasady opisów towarów w fakturach, specyfikacjach i systemach;
4. ścieżkę audytu dla rabatów, korekt, opłat licencyjnych i rozliczeń między podmiotami powiązanymi.

Odpowiedzialność zarządu i ryzyka biznesowe

Faktem jest, że ustalenia kontroli mogą prowadzić do decyzji wymiarowych i sporów z organami, które wpływają na płynność finansową i przewidywalność kosztów. Faktem jest również, że w określonych sytuacjach, przy spełnieniu przesłanek ustawowych, możliwe jest przypisanie odpowiedzialności na gruncie Kodeksu karnego skarbowego osobom odpowiedzialnym za rozliczenia lub nadzór. Opinią o charakterze praktycznym jest natomiast, że największe straty reputacyjne w farmacji wynikają nie tyle z samego sporu o stawkę, ile z zarzutu braku kontroli wewnętrznej i niespójnej dokumentacji, co może oddziaływać na relacje z partnerami i audyty jakościowe.

Jak przygotować firmę do kontroli: działania o największym zwrocie

Przygotowanie nie polega na „gaszeniu pożaru” po wszczęciu kontroli, ale na zbudowaniu minimalnych standardów zgodności, które ograniczają ryzyko domiarów i przestojów. Najczęściej rekomenduje się:

• audyt klasyfikacji taryfowej dla kluczowych grup towarowych i aktualizację uzasadnień klasyfikacyjnych;
• przegląd wartości celnej pod kątem opłat dodatkowych, rabatów i powiązań;
• test spójności danych między zgłoszeniami celnymi, fakturami, CoA i ewidencją magazynową;
• procedurę reagowania na kontrolę: właściciele tematów, terminy, obieg dokumentów, zasady komunikacji;
• szkolenia dla logistyki i finansów o „najczęstszych błędach”, a nie o teorii przepisów.

W razie potrzeby wsparcia przy analizie ryzyk, przygotowaniu dokumentacji lub strategii komunikacji z organami w toku postępowania, warto skorzystać z doświadczenia Kopeć & Zaborowski, a w kontekście tematyki takiej jak kontrola celno-skarbowa i jej konsekwencje biznesowe najlepiej doprecyzować stan faktyczny i oczekiwany rezultat, dlatego w celu omówienia możliwych scenariuszy i ograniczenia ryzyka należy Skontaktuj się z nami.

Bibliografia

1. Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 z dnia 9 października 2013 r. ustanawiające Unijny Kodeks Celny.
2. Rozporządzenie delegowane Komisji (UE) 2015/2446 z dnia 28 lipca 2015 r. uzupełniające rozporządzenie (UE) nr 952/2013 (UDR).
3. Rozporządzenie wykonawcze Komisji (UE) 2015/2447 z dnia 24 listopada 2015 r. ustanawiające szczegółowe zasady wykonania niektórych przepisów rozporządzenia (UE) nr 952/2013 (UIR).
4. Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej.
5. Ustawa z dnia 10 września 1999 r. – Kodeks karny skarbowy.
6. Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.